Первая и самая частая причина — неправильное использование библиотеки. Многие пишут код так, будто работают с обычными списками, и не используют сильные стороны numpy. В результате операции выполняются медленно, а сама программа начинает тормозить.
Важно понимать: NumPy оптимизирован под векторизованные операции (vectorized operations). Если вы используете цикл (loop), вы фактически обходите его преимущества. Именно поэтому код начинает тормозить, хотя библиотека сама по себе не является медленной.
Кроме того, многие не учитывают, почему происходит деградация производительности при росте объёма данных. Причина часто в том, что операции выполняются неэффективно и вызывают лишние вычисления.
Кстати, подобные кейсы подробно разбираются в
базовом курсе по языку Julia, где сравниваются подходы к работе с массивами и вычислениями — это помогает лучше понять, где именно NumPy может тормозить.